水生態環境監測的主要內容包括水質監測、水生生物監測、底泥監測、水文監測以及水環境遙感監測等。水質監測是核心，涉及溶解氧、化學需氧量、氨氮、總磷、總氮等多項指標;水生生物監測則關注水生生物的種類、數量、分布及健康狀況;底泥監測主要分析底泥中的污染物含量及生態毒性;水文監測關注水位、流量、流速等水文要素的變化;水環境遙感監測則利用遙感技術快速獲取大范圍的水環境信息。
水生態環境監測-中科檢測機構
水生生物態監測要求
1、采樣要求
水生生物監測指標包括魚類、大型底棲無脊椎動物和浮游生物(浮游動物和浮游植物)。各指標的監測點位布設應綜合考慮交通可達性和實施作業安全性，確保實際采樣的可行性、可比性、統一性和方便性。魚類、大型底棲無脊椎動物、浮游動物、浮游植物等水生生物的布點原則和采樣按照HJ710.7、SC/T9102.3、HJ1295和HJ1296要求開展。
2、監測頻次與時間
魚類調查原則上每年開展1次，在3-5月開展。其他水生生物指標調查每年開展2次，在春季(3-5月)和秋季(9-11月)分別開展一次。
3、監測項目與分析方法
1)魚類
在河流和湖庫開展的魚類監測中，針對魚類物種的組成、數量、優勢種等鑒定分析，遵循HJ710.7或SC/T9102.3所規定的監測方法執行。
2)大型底棲無脊椎動物
在河流開展的大型底棲無脊椎動物監測中，大型底棲無脊椎動物的群落結構、物種數、優勢種、生物量等鑒定分析，遵循HJ1295所規定的監測方法執行。
3)浮游生物
在湖庫開展的浮游生物(浮游動物和浮游植物)監測中，浮游生物的群落結構、密度、優勢種等鑒定分析，遵循HJ1296所規定的監測方法執行。
生境調查要求
1、調查頻次與時間
遙感數據調查原則上每年開展1次。
2、調查項目與方法
1)河湖(庫)岸帶土地利用類型
參照《河湖生態緩沖帶保護修復技術指南》(環辦水體函〔2021〕558號)劃定河湖岸線生態緩沖帶為調查范圍，采用衛星遙感數據或航空遙感數據與現場調查結合的方式，依據GB/T21010.分析河湖岸帶范圍內的土地利用類型。
2)河湖(庫)岸帶植被覆蓋情況
在河湖(庫)岸帶范圍內，采用遙感影像數據，計算歸一化植被指數來表征植被覆蓋情況。
3)河流縱向連通性
在河流監測單元范圍內，根據水利部門統計的閘壩和水電站的數量、類型、位置等信息，采用衛星遙感數據或航空遙感數據與現場調查結合的方式，調查河流中閘壩、水電站的空間分布情況。
其他生態環境檢測要求
1、水環境監測要求
監測GB3838中水環境質量標準基本項目及其他有關的特定項目，按照HJ/T91.2、HJ493、HJ494、HJ495中相應要求開展樣品采集、保存和運輸工作，遵循GB3838中所規定的監測方法執行。原則上每年開展2次，在春季(3-5月)和秋季(9-11月)分別開展一次，并與水生生物和生境調查同步開展。
2、水資源監測要求
調查河流每月最小日均流量和湖庫的更低生態水位滿足天數。
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